یکی از علامت‌های مهم اتیسم، اختلال در ارتباطات اجتماعی است. کودکان طبیعی از همان هفته‌های اول تولد به طور قابل ملاحظه‌ای اجتماعی هستند، در واقع نوزاد انسان به طور ذاتی برای ارتباط اجتماعی و تشخیص چهره‌ی انسانی آمادگی دارد. در حالی که در کودکان دارای اتیسم گرایش کمی به تشخیص چهره‌ی انسانی وجود دارد و به دنبال آن، این کودکان گرایش کمی به برقراری تماس چشمی دارند. آن‌ها در درک احساسات دیگران مشکل دارند و قادر به همدلی با آن‌ها و قرار دادن خود به جای آن‌ها نیستند و این سد بزرگی بر سر راه مسئله برقراری ارتباط و دوست‌یابی آن‌هاست.

این مشکلات در مراحل ابتدایی رشد به صورت‌های زیر آشکار می‌شود:

• کودک کمتر به دیگران نگاه می‌کند
• کودک کمتر غان و غون می‌کند یا اصلا نمی‌کند
• وقتی کودک را صدا می‌کنند پاسخ نمی‌دهد(به نام خودش واکنش نشان نمی‌دهد)
• در مقابل لبخند دیگران کمتر لبخند می‌زند
• کودک ارتباط غیر کلامی برقرار نمی‌کند، مثلاً نمی‌تواند به اشیاء مورد علاقه‌ی خودش اشاره کند
• بازی‌های اجتماعی (مثلاً دالی‌بازی یا قایم باشک) را انجام نمی‌دهد و یا به طور یک جانبه و با خودشان انجام می‌دهد

از دیگر مشکلات اصلی در اتیسم، اختلال جدی در برقراری ارتباط است. افراد دارای اتیسم در جنبه‌های مختلف رشد زبان، گفتار و ارتباط مشکل دارند. کودکان دارای اتیسم نمی‌توانند برای اهداف اجتماعی از زبان استفاده کنند. برای مثال نمی‌توانند برای برقراری رابطه‌ی اجتماعی کلمات و زبان را به کار بگیرند. نیمی از افراد دارای اتیسم هرگز از زبان و گفتار جهت ارتباط استفاده نمی‌کنند.

 در صورت استفاده از کلام در گفتار این افراد مشکلات زیر چشم می‌خورد:

۱- تکرار طوطی‌وار جملات و کلمات که به دو صورت ظاهر می‌شوند.

• هنگامی که فردی با آن‌ها صحبت می‌کند فرد دارای اتیسم همزمان جملات او به صورت طوطی وار تکرار می‌کنند.
  
  
• جملات و عباراتی که دیگران به کار می‌برند را به حافظه می‌سپارند و بعداً بدون اینکه آن جملات کاربردی داشته باشند، آن‌ها رابه صورت طوطی وار تکرار می‌کنند.

۲- استفاده نادرست از ضمایر؛ مثلاً کودک به‌جای آنکه بگوید “من” می‌گوید “او” .

۳- فقدان آهنگ و ملودی معمول در کلام. به این صورت که آهنگ کلام کودک یکنواخت و ثابت است.

۴- معمولاً معنا و مفهومی در گفتار این کودکان وجود ندارد.

۵- این کودکان جهت برقراری ارتباط از کلام استفاده می‌کنند.

۶- در گفتار خود به خوبی از حروف ربط استفاده نمی‌کنند.

نیمی از کودکان دارای اتیسم هوش پایینی دارند. در برخی از این افراد هوش جزیره‌ای وجود دارد. هوش جزیره‌ای به این معناست که کودک در یک یا چند زمینه (مانند نقاشی یا موسیقی) توانایی‌های قابل توجه دارد در حالی که ممکن است از نظر سایر توانایی‌ها مشکل داشته باشد. همچنین در این افراد تفکر انتزاعی وجود ندارد. یعنی کودک نمی‌تواند خودش را به جای دیگران قرار دهد و یا به مسائلی غیر از چیزهایی که به چشم می‌بیند فکر کند. هرچه بهره‌ی هوشی در این افراد پایین‌تر باشد احتمال بروز تشنج مغزی بالاتر می‌رود. توانمندی‌های حرکتی و درک لمسی نیز در این افراد بهتر از توانمندی درک مفاهیم نمادین است.

این کودکان با اشیاء و وسایل، ارتباط بهتری برقرار می‌کنند تا با انسان‌ها. علاوه بر این، آن‌ها به اشیاء ناکارآمد و اشیاء غیر کاربردی وابستگی غیرمعمول دارند. همچنین حرکات تکراری بی‌هدف مثل تکان دادن دست‌ها، راه رفتن روی انگشتان پا، ردیف کردن یا چرخیدن اشیاء در آن‌ها دیده می‌شود. این کودکان به موقعیت‌ها و شرایط جدید واکنش‌های بسیار شدید نشان می‌دهند. آن‌ها از چیزهای جدید، از افراد جدید، از تغییر دکوراسیون منزل و حتی تعویض ‌اتومبیل خانوادگی‌شان به شدت می‌ترسند و به آن واکنش نشان می‌دهند. مهارت‌های بازی در این کودکان به شدت در سطح پایین است و نمی‌توانند بازی‌های اجتماعی انجام دهند.

درک زبانی در کودکان دارای اتیسم اغلب با تأخیر همراه است و بیشتر این کودکان حتی قادر نیستند که یک سوال بسیار ساده و روشن را پاسخ دهند. آنها نمی‌توانند شوخی را درک کنند و مفاهیم ضمنی، استعارات و ضرب‌المثل ها را درک نمی‌کنند.